O ile nie zachodzi obiektywnie ważna przyczyna (gravis causa), sędzia kościelny nie powinien przystępować do gromadzenia środków dowodowych zanim spór zostanie ustalony (kanon 1529: ne procedat ante litis contestationem).
Do zbierania poszczególnych środków dowodowych przystępuje się dopiero po określeniu przedmiotu postępowania sądowego oraz zakresu sporu, gdyż dopiero wtedy jest jasne i pewne, jaką kwestię trybunał ma rozstrzygnąć oraz jakie fakty są relewantne dla zastosowania prawa materialnego w sprawie, a co za tym idzie sformułowania sentencji wyroku. Dzięki takiej sekwencji czynności procesowych, uporządkowanych z perspektywy prakseologicznej, zwiększa się gwarancje racjonalności, ekonomiki procesowej oraz eliminuje zarówno podstępne inicjatywy stron i ich doradców, jak i pomyłki wynikające z braku wiedzy i doświadczenia uczestników postępowania.
Jednak zdarzają się w praktyce procesowej wypadki, gdy niezbędne jest wcześniejsze zebranie niektórych środków dowodowych ze względu na konieczność ich ochrony przed zaginięciem czy zniszczeniem (ne pereant probationes, jak to bardzo ogólnie i pojemnie określił Kodeks). Takie zabezpieczenie dowodów, znane również postępowaniu cywilnemu i karnemu, wynika przede wszystkim z racjonalnej i obiektywnej obawy, że przeprowadzenie dowodu będzie wskutek upływu czasu i działania praw przyrody utrudnione bądź też stanie się niemożliwe. Przykładami są między innymi niszczejące dokumenty (kwaśny lub niszczejący papier, blaknący tusz itp.), zagrożony śmiercią lub np. postępami demencji świadek, degradacja śladów biologicznych, starzenie się przedmiotów, które mają być poddane oględzinom itp.
Zabezpieczenie środka dowodowego może być zarządzone już bezpośrednio po wniesieniu pisma skargowego do sądu lub po jego przyjęciu, może nastąpić również jeszcze przed skierowaniem pisma do trybunału. By zabezpieczenie uzyskać, należy złożyć wniosek do właściwego sądu na zasadach ogólnych.
W kościelnym procesie karnym, podobnie jak w świeckim postępowaniu przygotowawczym, poszczególne dowody zbiera się zwykle już podczas wstępnego badania sprawy, czyli śledztwa, bowiem stanowią one podstawę do sporządzenia i wniesienia aktu oskarżenia.